河蟹幼体丝状细菌病病原是亮发菌，常见的为毛霉亮发菌。该病主要发生在每年的３～６月。与其他细菌危害不同，丝状细菌对河蟹幼体的危害只是一种物理性的危害。丝状细菌附生于河蟹幼体，幼体的附肢、眼等被重重缠绕，导致河蟹活动不便，摄食受阻，生理机能下降，引起死亡。丝状细菌也能附生于蚤状幼体的鳃部，刺激鳃部黏液分泌增加，使鳃部沾满污染物，导致呼吸困难，缺氧死亡。防治可从以下三方面进行。
生物防治在育苗池中培养单胞藻（小球藻、硅藻、扁藻等），是控制丝状细菌数量的一条既经济又环保的途径。单胞藻不仅是河蟹幼体营养丰富的生物饲料，还能够降低水体中的氨氮，增加水中的溶解氧。一些单胞藻渗出物（如多糖、多酚、氨基酸）能有效络合某些金属离子，由此减少细胞对金属离子的吸收，降低金属毒性。与使用抗菌药物相比，单胞藻的使用不会产生耐药菌株或药物残留等现象。
有益微生物能降解育苗水体中的有机物，是预防丝状细菌病发生的另一科学的方法。利用光合细菌、玉垒菌及蜡状芽孢杆菌等多种微生物组合应用于河蟹育苗系统，对净化水质有明显作用，可减少丝状细菌病的发生。
池水消毒育苗前对育苗水及育苗器具进行严格消毒，杀灭水体中或器具上有几率存在的丝状细菌。育苗过程中对已发生丝状细菌病的育苗池水要做消毒处理。高锰酸钾、甲醛等在丝状细菌半致死浓度下对河蟹幼体同样具有较强的杀伤作用，因此不宜使用。二氧化氯是一种强氧化剂，具有快速、广谱杀灭微生物的作用，且无毒、不污染自然环境，是预防丝状细菌病的首选消毒剂，具有改善水质和杀灭病原的双重效果。使用剂量为每立方米水体用二氧化氯０．１克。
换水抗菌河蟹幼体变态时，丝状细菌会随着蜕皮而离开幼体的体表，但没有离开水环境，１～２天后丝状细菌又会重新附生于新的幼体体表。按照丝状细菌这一特点，在幼体变态后一天内，将河蟹幼体从原来的水体中捞出，放在洁净的水中培育，可以有效预防河蟹幼体丝状细菌病发生。也可对育苗池进行少量多次换水，减少水体中的丝状细菌数量。同时应采用抗菌药物做处理，并对生产工具做消毒，以防止操作中再次感染。
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